Histoire

Halo 2 démarre dans une station spatiale en orbite autour de la Terre abritant un gigantesque canon. Il s'agit de l'une des trois cent batterie de défense terrienne, ultime rempart contre une invasion covenant. Une flotte composée de 15 vaisseaux de commandement covenants s'approche, avec comme objectif de débarquer sur Terre. Ils détruisent quelques canons, et un croiseur réussit à passer avec un son bord le Prophète du Regret. Après avoir défendu la station dans laquelle il se trouve, il se rend sur terre à bord du In Amber Clad dans lequel se trouve un rescapé de Halo, le sergent Johnson, ainsi que Miranda Keyes, fille du capitaine et commandant à bord de ce vaisseau.

Chers humains. Nous regrettons d'être aussi débiles, nous regrettons d'être venus, et nous regrettons encore plus de nous être fait torcher par les marines. (Johnson, de retour sur Terre)

John nettoie les ruelles de la ville Mombassa de toute présence covenant, puis les larges rues de New Mombassa et retourne au In Amber Clad. Le vaisseau du prophète s'échappe et prépare un saut dans l'hyper espace, alors qu'il se trouve au dessus de la ville. Le In Amber Clad s'engouffre à sa suite dans la brèche avant que l'explosion induite par le saut ne réduise New Mombassa en cendres.

Dans la cité sainte covenante - sorte de gigantesque ville flottante dans l'espace - Grande Bonté, centre de leur conglomérat, l'équilibre entre les races se fragilise depuis Halo. Le commandant en chef de leur flotte, un Elite, est déchut de son titre. Marqué au fer du signe de la honte et condamné à être l'Arbiter : un fantassin sacrifié à opérer directement pour les prophètes dans les missions les plus difficiles. Il a une armure différente de celle dont sont équipés les autres élites, la sienne ne peut le rendre invisible que peu de temps. En outre les Brutes se voient offrir le rôle de garde personnelle des prophètes à la place des Elites dont c'était traditionnellement une des fonctions, ce qui ne plait bien évidemment pas à ces derniers.

L'Arbiter est envoyé en mission traquer le chef d'un mouvement dissident. Arrivé à la base de ceux-ci, il découvre que celle-ci est infestée de Floods. Il y trouve aussi les sentinelles, ces robots forunners des anneaux servant à contenir les floods, ainsi que l'oracle qui n'est autre 343 Guilty Sparks. Il réussit à tuer le chef dissident, et ramène le moniteur de l'installation 004 aux prophètes.

Le vaisseau du prophète Regret et le In Amber Clad sortent de leur saut dans l'hyper espace près d'un autre anneau forunner, Halo Delta, sur lequel les covenants sont déjà installés. Le Masterchief poursuit Regret et réussit à le tuer malgré bon nombre de covenants.

Pendant ce temps, Guilty Sparks explique aux prophètes comment activer Halo Delta, et ceux-ci envoient l'Arbiter chercher l'index, escorté par le chef des Brutes. Après un périple sur Halo, l'Arbiter réussit et l'index est ramené au prophète de la Vérité. La cité sainte covenante est arrivée aux abords de Halo Delta et se fait envahir peu à peu par les floods. Vérité en profite pour laisser le troisième prophète se faire attaquer par les floods, et rester le dernier au pouvoir. Il s'enfuit en direction du coeur de la cité, qui est un vaisseau forunner et envoi le chef des Brutes avec l'index au centre de contrôle de Halo 005.

L'Arbiter et le Masterchief se retrouvent tous deux prisonnier du fossoyeur, sorte de flood dont le rôle pourrait se rapprocher de celui d'une reine dans une ruche. Celui-ci leur explique qu'ils doivent empêcher l'utilisation de l'anneau et les téléporte chacun à la recherche de l'index : John sur Grande Bonté et l'Arbiter sur Halo pour qu'il aille au centre de contrôle activer l'installation. Celui-ci est accompagné de Miranda Keyes et de Johnson, capturés à bord du In Amber Clad.

John poursuit le dernier prophète de la Vérité dans grande bonté jusqu'au vaisseau forunner. Vérité veut y accéder pour mettre le cap sur Terre, et y trouver ce que Regret était venu chercher au début du jeu : la salle de contrôle des 7 Halos, qui se trouve sur notre planète, seul endroit d'où l'on peut activer les anneaux à distance.

Cortana reste dans Grande Bonté, elle devra faire sauter les réacteurs du In Amber Clad échoué sur Grande Bonté pour détruire l'anneau 005. Le Masterchief décolle avec le vaisseau forunner et met le cap sur terre.

L'Arbiter de son coté rejoint le chef des brutes dans la salle de contrôle et l'élimine.

Une dernière scène montre le fossoyeur discutant avec Cortana dans grande bonté, on ne sait donc pas si elle va ou peut faire exploser les réacteurs du In Amber Clad. La ville est complètement envahie par les floods, et la flotte covenant est en pleine guerre civile avec d'un coté les brutes et les jackals, de l'autre les grunts, les hunters et les elites.