Histoire

Le Pillar of Autumn sort tout juste de son saut aléatoire qu'il se retrouve face à un objet insolite : un monde anneau visiblement artificiel dont toute la partie interne est aménagée. Mais l'anneau n'est pas le seul sur place, plusieurs croiseurs covenants attendent le vaisseau du CSNU et lui donne l'assaut. Les covenants maîtrisant bien mieux les voyages supra luminiques que les terriens, ils ont suivit et dépassé le Pillar pour l'attendre sagement à destination. Après un combat perdu d'avance, l'équipage évacue le navire par des nacelles de sauvetage, tandis que le capitaine, Keyes, tente de le poser sur l'anneau. John est chargé d'emmener et de protéger l'intelligence artificielle du bord hors du vaisseau, Cortana, et l'intègre à sa combinaison.

Une fois sur l'anneau et quelques covenants malencontreusement croisés aux détours des vastes plaines d'Halo en moins, le Masterchief apprend petit à petit la nature de ce monde. Les covenants l'appellent Halo, lui vouent un culte religieux tout en le considérant comme une arme d'une puissance inimaginable : « Qui contrôle Halo contrôle l'univers ». Keyes a réussit à poser le Pillar sur l'anneau, mais est capturé par les covenants et emprisonné dans les cellules d'un croiseur ennemi, le Truth & Reconciliation. John monte à bord avec un groupe de marines survivants et le délivre. Voulant découvrir les secrets d'Halo, il arrive jusqu'à la salle de contrôle de celui-ci, où se trouve les commandes permettant de l'utiliser. Cortana s'installe dans le système pour l'étudier. L'anneau aurait été construit par une espèce aujourd'hui disparut, les forunners, auxquels les covenants voueraient un culte. Pendant ce temps, les soldats du CSNU dirigés par Keyes s'enfoncent dans les installations de la planète, et se font décimer par une sorte de parasite. Celui-ci est capable de prendre possession d'organismes vivants présentant une taille suffisante et de les faire muter de différentes manières. John part à la recherche des marines, et en réchappe. Il rencontre alors l'intelligence artificielle du nom de 343 Guilty Sparks, qui se présente comme le moniteur de l'installation 004, Halo. Ceci implique il y aurait d'autres anneaux construits par les forunners. Il le guide jusqu'au coeur des structures, pour chercher la clef permettant d'activer l'anneau, appelée index, en expliquant que l'activation de Halo permettra de se débarrasser des Floods, le parasite. Celui-ci qui se répand de plus en plus rapidement, infectant aussi bien les hommes que les covenants, intégrant leurs connaissances et leurs technologies pour mieux pouvoir les utiliser ensuite. Voici les différentes races de covenants connues :

- Les Grunts / Grognards : infanterie plus ou moins stupide, ayant la capacité de sortir un nombre intéressant de phrases aussi mythiques que stupides à la minute. On retiendra principalement d'eux le fameux ‘Il est partout !', ainsi que ‘C'était moi, Moi !', ou encore leur démarche en balancement latéral particulièrement digne.
- Les Jackals / Rapaces : un peu plus brillants que les grunts, ils sont protégés par un bouclier.
- Les Drones : Capables de voler très rapidement et de s'agripper à peu près à n'importe quel type de parois, les drones sont heureusement peu résistants.
- Les Hunters / Chasseurs : gros hérissons de deux mètres de haut, en général voyageant par paire et armé d'un canon plasma dévastateur.
- Les Elites : Soldats d'élites des forces covenants, protecteurs des prophètes jusqu'au début de Halo 2. Leur armure dispose d'un bouclier équivalent à celui du Masterchief, et ils peuvent devenir invisible en cas de besoin.
- Les Brutes : la force des brutes et la rapidité des Elites, le style et l'intelligence en moins lors des combats. Ils remplacent les Elites comme protecteurs des prophètes à la suite de l'échec de la lutte sur Halo.
- Les Prophètes : grands prêtes du culte, ils semble diriger le conglomérat covenant. Ils seraient au nombre de trois. Ils promettent aux autres races le Grand Voyage, sorte de voie sacrée qui les mèneront à un stade ultérieur. La rencontre de leurs dieux ?

Après une longue lutte au sein des immenses couloirs de l'installation forunner, le Masterchief s'empare de l'index et 343 les téléporte tous deux dans la salle de contrôle de Halo. Alors que John, sous l'insistance de Guilty Sparks tente d'activer Halo à l'aide de l'index, Cortana empêche le bon fonctionnement du processus et explique au Masterchief ce qu'est Halo : une arme destinée à être utilisée en dernier recours pour arrêter l'expansion des floods. Non pas en les supprimant eux même, mais en exterminant tout ce qui pourrait leur servir de nourriture, de moyen de propagation...

Le seul moyen d'arrêter les floods c'est de les affamer (Cortana)

Les humains, les covenants, toute espèce cognitive offrant suffisamment de biomasse peut être contaminée.

En clair, tout organisme dotée d'une masse suffisante, et de cognition, est un vecteur potentiel (343 Guilty Sparks)

Guilty Sparks, programmé pour faire appliquer les protocoles de sécurité forunner lorsqu'une telle invasion de floods menace, et leur envoie quelques-uns de ses robots. Il a en effet besoin qu'un forunner utilise l'index, le protocole lui interdisant d'effectuer lui-même cette tâche. On a ici le premier lien entre humains et forunners, 343 prenant le Masterchief pour un forunner. Il l'appelle Reclaimer, et indique qu'une crise similaire a déjà eue lieu par le passé.

Halo à une puissance capable d'éliminer toute vie pensante dans un rayon de 25 000 années lumières. Cortana et John cherchent donc un moyen de le détruire pour éliminer les floods, et pensent faire exploser les moteurs atomiques du Pillar of Autumn.

Au dehors, les covenants sont débordés par les floods devenus de plus en plus nombreux. Ces derniers sont en train de réparer le croiseur covenant Truth & Reconciliation pour quitter Halo et se répandre sur d'autres mondes. Les covenants tentent de les en empêcher, lorsque le Masterchief monte à bord pour tenter de délivrer Keyes une seconde fois. Il fini par le retrouver, à moitié digéré par un parasite auquel il a certainement livré un certain nombre d'informations. Le livre Les Floods raconte ce passage, avec la lutte que livre le capitaine pour cache au parasite toutes informations relatives à la Terre.

John qui le Truth et retourne au Pillar pour le faire sauter. Celui-ci est maintenant envahit par les floods, les covenants, et les robots de 343 Guilty Sparks qui essayent de l'arrêter. Il réussit à enclencher le processus de fission nucléaire, et quitte Halo à bord d'un chasseur après une dernière scène épique en warthog. Le Pillar explose, anéantissant l'anneau. Cortana scanne l'espace, et rien ne semble avoir survécu à l'explosion. Générique. A la fin de celui-ci, on voit 343 dans l'espace, plus vivace que jamais, il a donc survécu. Est-il le seul ?